Run Control画面中央の一番上にあるModels▼ボタンで切替えます。
スタンドアロンからSimulinkに変更する場合、Models▼ボタンをクリックしModels: Simulinkに切替え、その下の▼ボタンをクリックして出てくるデータセットを選択してください。Simulink計算の場合は、リンクされているModels: Simulink画面でSimulinkのモデルファイルや入出力変数定義リストが合っているかを確認してください。

Simulinkモデルや入出力変数定義リストの設定方法は、「CarSimチュートリアル（実践編その1)-SimulinkによるCarSimモデルの拡張-」に手順が図入りでわかりやすく書かれていますので、そちらを参照してください。